永磁電機過載運行，主要原因是由于拖動的負載過大，電壓過低，或被帶動的機械卡滯等造成。若過載時間過長，永磁電機將從電網中吸收大量的有功功率，電流增大，溫度上升，在高溫下永磁電機的絕緣便老化，磁鋼失磁。因此，永磁電機在運行中，要注意經常檢查傳動裝置運轉是否靈活、可靠；聯軸器的同心度是否標準；齒輪傳動的靈活性等情況。若發現有滯卡現象，應立即停機查明原因排除故障后再運行。
三相交流永磁電機，其三相電流任何一相電流與其他兩電流平均值之差不允許超過10%，這樣才能保持永磁電機安全運行，如果超過則表明永磁電機有故障，必須查明。
檢查永磁電機的溫度要經常檢查永磁電機的軸承、定子、外殼等部位的溫度有無異常變化。
永磁電機軸承是否過熱，缺油，若發現軸承附近的溫升過高，就應立即停機檢查，軸承的滾動體、滾道表面有無裂紋、劃傷或缺損，軸承間隙是否過大晃動，內環在軸上有無轉動等。出現上述任何一種現象，都必須更新軸承后方可再進行工作。
觀察永磁電機有無振動、噪聲大，永磁電機若出現振動，會引起與之相連接的負載部分不同心度，形成永磁電機負載增大，出現超負荷運行，就會燒毀電機。因此，永磁電機在運行中，尤其大功率永磁電機更需經常檢查地腳螺栓、端蓋、軸承壓蓋等是否松動，接地裝置是否可靠，發現問題及時解決。

保持永磁電機的清潔，永磁電機在運行中，進風周圍至少3m內不允許有塵土、水漬和其他雜物，以防止吸入電機內部，形成短路介質，或損壞導線絕緣，造成短路，燒毀電機，所以，要確保永磁電機有足夠的絕緣電阻，以及良好的通風冷卻環境，才能使永磁電機在長時間運行中保持安全穩定的工作狀態。